Bis zum Ende des 19. Jahrhunderts war es gängige Praxis mit direkt beheizten Holzbacköfen zu arbeiten. Der Backraum wurde direkt befeuert und musste nach dem Aufheizen gereinigt werden. Das Aufheizen war relativ zeitaufwändig und die Schmutzbelastung für Backstube und Personal hoch. Anfang des 20. Jahrhunderts wurden die Holzbacköfen durch indirekt mit Kohle beheizte Öfen verdrängt, welche dann wiederum durch moderne mit Gas, Öl oder Elektrizität beheizte Etagenöfen (um 1955) und Stikkenöfen (um 1970) abgelöst wurden (vgl. Skobranek 1998).
Um die Jahrtausendwende ist das Interesse an Holzbacköfen als ursprüngliche Backöfen zur Herstellung von exklusiven Produkten mit einer ausgeprägten Kruste und einem rustikalen Aussehen gestiegen. Heute bieten einige Hersteller direkt beheizte Holzbacköfen in Etagenbauweise an. Die direkte Befeuerung erfolgt dabei über Tunnelbrenner in der Rückwand des Ofens. Über die Brenner werden Holzpellets verbrannt, um den Backraum zu heizen. Jede Etage besitzt ihren eigenen Brenner, wodurch auch unterschiedliche Temperaturen realisiert werden können. Nach dem Heizvorgang werden die Aschereste mit Hilfe eines leistungsstarken Staubsaugers entfernt.
Für eine gute Wärmespeicherkapazität wird Schamottestein für den Backraum verwendet. Diese modernen Holzbacköfen verfügen über Dampfapparate und können mit automatischen Beschickungssystemen ausgerüstet werden. Brote aus solchen Öfen dürfen nach den Leitsätzen für Brot und Kleingebäck als Holzofenbrote bezeichnet werden.
Die Einschränkungen dieser Holzbacköfen sind also deutlich geringer als die mit Holz oder Kohle beheizten Vorfahren. Dennoch sind die Holzbacköfen weniger flexibel als mit Gas, Öl oder Elektrizität beheizte Etagenofensysteme.
