Nach dem Backprozess kommen die Backwaren nahezu steril aus dem Ofen. Gelingt es, eine Kontamination durch Schimmelpilzsporen beim Auskühlen, Schneiden und Verpacken zu verhindern, kann weitgehend auf den Einsatz von Konservierungsstoffen oder einer Pasteurisation verzichtet werden.
Dies wird durch einen hermetisch von anderen Räumen abgetrennten Reinraum ermöglicht, welcher sich direkt hinter dem Ofenausgang befindet. In diesem Raum findet das Auskühlen, Schneiden und Verpacken der Backwaren statt. In den Raum wird aufwändig gefilterte Luft mit möglichst wenig Turbulenz eingeblasen und es wird ein leichter Überdruck erzeugt, um das Eindringen von Schimmelpilzsporen durch die Luft außerhalb des Reinraumes zu verhindern.
Nach der ISO 14644-1 werden Reinräume in Klassen von 1 – 9 eingeteilt, wobei Klasse 1 die höchsten Anforderungen besitzt. Die Klassen richten sich nach einer maximal im Raum erlaubten Partikelkonzentration. Reinräume für Backwarenbetriebe sollten mindestens die Klasse 8 erfüllen (vgl. Meißner 2012).
Aufgrund der hohen erforderlichen Hygienevoraussetzungen und der Investitionskosten werden Reinräume hauptsächlich von Großbäckereien eingesetzt. Sie sind dann Teil einer Produktionslinie, mit welcher ausschließlich eine Produktkategorie hergestellt wird. Toast, Sandwich, abgepacktes Schnittbrot und halbgebackene Backwaren werden heute in Großbäckereien im großen Maßstab mit Hilfe der Reinraumtechnik verpackt.
