Durch den Abkühlprozess in der Vakuumzelle verlieren die Backwaren viel Wasser, was ohne weitere Änderungen im Prozess zu trockenen Produkten führen kann. Um dies zu vermeiden, ist es in vielen Fällen notwendig, die Backzeit um 25 – 30 % zu reduzieren. Weiterhin kann die Teigausbeute um ein bis zwei Prozentpunkte erhöht werden.
Nicht für jedes Produkt kann das gleiche Abkühlprogramm in der Vakuumzelle verwendet werden. Vielmehr muss für jedes Gebäck eine spezifische Abkühlkurve erarbeitet werden, bei welcher die Zeit-/Druck-Kurve auf das Gebäck abgestimmt sind. Backwaren mit geringer Teigeinwaage wie Weizenkleingebäck, benötigen in der Regel eine geringere Abkühlzeit als großvolumige Produkte wie Toastbrot. Kompakte Produkte mit hoher Dichte wie Käsekuchen benötigen ebenfalls eine längere Verweildauer in der Zelle als sehr lockere Produkte mit geringer Dichte wie Croissants.
Bei Produkten mit sehr hoher Einwaage oder sehr hoher Dichte empfiehlt es sich, den Druck in der Zelle langsamer bzw. in mehreren Schritten zu reduzieren. Bei einer falsch eingestellten Zeit-/Druck-Kurve oder nicht angepassten Prozessparametern können Gebäckfehler wie trockene Produkte, Ablösen der Kruste von der Krume und Risse im Bodenbereich der Produkte auftreten.
Neben Wasser verdampfen teilweise auch stark flüchtige Substanzen beim Vakuumkühlprozess. Dies kann bei einigen Produkten zu Aromaverlusten führen. Durch den Einsatz von aromaintensiven Vorprodukten wie getrockneten Sauerteigen, Malzen oder Malzextrakten kann der Aromaverlust ausgeglichen werden.
Die Vakuumzelle sollte unmittelbar neben dem Ofen platziert sein bzw. sollte der Abkühlprozess in der Vakuumzelle unmittelbar nach dem Backprozess erfolgen. Kühlen die Produkte bereits vor der Vakuumkonditionierung aus, kommt es nicht zu den beschriebenen positiven Effekten.