Die Knetung von Roggenschrotbrotteigen erfolgt idealerweise in Hubknetern, Doppelkonusknetern oder in Horizontalknetern. In gemischten Produktionen kommen auch Spiralkneter zum Einsatz, obwohl diese mehr für die Weizenbrot- und Weizenmischbrotherstellung ausgelegt sind. Während der Knetung soll aus der weichen Masse mit vielen Grobbestandteilen ein bindiger und plastischer Teig entstehen. Die Knetzeit richtet sich nach der Granulation der eingesetzten Schrote und nach der bereits über Brühstück, Quellstück oder Sauerteig erfolgten Vorquellung. Je besser die Rohstoffe vorgequollen sind, desto weniger Knetzeit wird benötigt. Ein höherer Feinanteil ermöglicht ebenfalls kürzere Knetzeiten.
Die Teigtemperaturen sollten zwischen 29 – 32 °C liegen. Größere Abweichungen können zu Brotfehlern führen.
Je nach Größe der Teigcharge und dem Grad der Vorquellung wird mit kurzer Teigruhe oder ohne Teigruhe gearbeitet. Die Anwendung von längeren Teigruhezeiten ist bei Zugabe von unverquollenen Grobbestandteilen bei der Teigbereitung sinnvoll. Bei Bedarf wird die Teigknetung in zwei Phasen aufgeteilt.
Die Aufarbeitung bzw. Ausformung von Schrotbrotteigen erfolgt über, im Vergleich zu Weizen- oder Weizenmischbrotherstellung, weniger komplizierten Anlagen. Die plastischen und klebrigen Schrotbrotteige werden mit Förderschnecken durch eine Röhre gepresst, abgeschnitten und direkt oder nach einem weiteren Langrollen in die Backform gelegt. Die Langrolltechnik durch in entgegengesetzte Richtung laufende Stoffbänder erfordert etwas festere Teigeigenschaften.
Das direkte Dosieren in Backformen ermöglicht vergleichsweise hohe Teigausbeuten wie sie z. B. in Dänemark üblich sind. In den Großbackbetrieben sind zum Teil eigens konzipierte Anlagen zur Portionierung und zur gleichmäßigen Befüllung der Backkästen zu finden.
Eine Besonderheit stellt das Rheinische Schrotbrot mit seiner halbrunden, freigeschobenen Form dar. Hier werden vergleichsweise feste Teige benötigt, welche vor der Stückgare auf Abziehapparaten, in Kartoffelstärke oder einem Stärke-Roggenmehlgemisch gerollt werden.
Vor der Aufarbeitung werden Schrotbrotteige häufig kurz nachgeknetet, um bereits entstandenes Gärgas wieder zu entfernen, was eine höhere Dosiergenauigkeit ermöglicht. Dies entfällt, wenn der Schrotbrotteig ohne Teigruhe verarbeitet wird.
Die verschiedenen Schrotbrottypen lassen sich mit verschiedenen Rohstoffen optisch und qualitativ mit einer Bestreuung der Oberfläche durch z. B. Haferflocken, Roggenflocken, Sonnenblumenkernen, Sesam, Buchweizenschrot oder Roggenfeinschrot aufwerten.
Die Stückgare von Roggenschrotbrot sollte 90 – 100 Minuten betragen. Dies wird durch eine Triebleistung aus dem Sauerteig, kombiniert mit einer geringen Hefezugabe, erreicht. Die Hefezugabe zum Teig sollte 1 % auf Getreideerzeugnisse nicht überschreiten. Gärhemmende Zusätze wie Konservierungsstoffe oder Säureregulatoren erfordern eine leicht erhöhte Hefezugabe. Diese sollte insgesamt bei maximal 1,5 % liegen. Die üblichen Gärraumparameter liegen bei 32 – 35 °C und bei 80 % relativer Luftfeuchtigkeit. Höhere Gärraumtemperaturen können Brotfehler verursachen. Dabei kann der Teig im oberen Viertel der Backform zu stark auflockern, während sich der restliche Teig langsam entwickelt. Dies tritt insbesondere bei niedrigeren Teigtemperaturen auf.