Das Auskühlen der gebackenen Roggenschrotbrote erfolgt idealerweise in speziellen Kühlräumen, bei einer Lagertemperatur von 4 – 8 °C und einer leichten Luftumwälzung. Die Kühlräume müssen von den Produktionsräumen getrennt sein und sehr sauber gehalten werden. Die Schrotbrote sollen auf sauberen und leicht zu reinigenden Rosten schnell abkühlen und die sogenannte Schnittreife erlangen. Dabei darf die Oberfläche der Schrotbrote leicht abtrocknen. Üblich sind Auskühlzeiten von 15 – 24 Stunden. Ein Abkühlen in Tiefkühlräumen oder vor laufenden Gebläsen ist nicht zu empfehlen.
Das Schneiden der Schrotbrote kann bei modernen Brotschneidemaschinen schon ab einer Kerntemperatur von 40 °C erfolgen. Das setzt jedoch voraus, dass alle anderen Produktionsparameter optimal waren.
Die Brotschneidemaschinen müssen konsequent gereinigt und gewartet werden. Dabei ist insbesondere auf die Schneidemesser und deren Beölung zu achten. Beim Schneiden und Verpacken von Schrotbroten ist der Personalhygiene besondere Aufmerksamkeit zu widmen. Das Tragen von sauberer Arbeitskleidung, Arbeitsschuhen, Haarnetzen und Einweghandschuhen wird empfohlen.
Der Einsatz von Konservierungsstoffen bei verpacktem Brot wird vom Verbraucher überwiegend abgelehnt. Daher wird geschnittenes und verpacktes Schrotbrot meist pasteurisiert. Je nach Umfang der prozesstechnischen Maßnahmen zur Schimmelverhütung während der Produktion, der Verpackung, des Temperaturverlaufes und des Hygienestandards beim Schneiden und Verpacken können Haltbarkeiten von 14 Tagen bis zu 6 Monaten erreicht werden. Siehe auch Kapitel „Brotkrankheiten sowie Maßnahmen zur Haltbarmachung von Backwaren“.