Zum genetischen Ursprung von Dinkel finden sich unterschiedliche Aussagen in der Literatur. Einig ist man sich darüber, dass wilder Emmer, der über viele Jahre weiter kultiviert wurde, der Vorfahre von Dinkel wie auch von Weizen ist. Dinkel entstand vermutlich durch mehrere Kreuzungen zwischen Binkelweizen (T. compactum) und dem kultivierten bespelzten Emmer. Dies soll ca. 8000 v. Chr. im Gebiet des fruchtbaren Halbmondes (Israel, Jordanien, Libanon, Irak, Iran und Türkei) passiert sein. Von hier hat sich der Dinkel weiter nach Europa verbreitet. Neben dem europäischen Dinkel soll sich im Lauf der Jahrtausende auch eine asiatische (persische) sowie eine georgische Form des Dinkels entwickelt haben, welche sich morphologisch unterscheiden (Graushuber 2017 und 2018). Weizen und Dinkel sind zwar genetisch eng verwandt, lassen sich aber heute durch moderne molekularbiologische Methoden unterscheiden.