Der Backprozess bei glutenfreien Gebäcken ist weitgehend vergleichbar mit dem Backen von Teiglingen aus Weizenteigen. Es wird bei ähnlichen Backtemperaturen gebacken und auch die Dampfmengen sind vergleichbar. Unterschiede gibt es bei den Backzeiten, da die glutenfreien Teige mehr Wasser enthalten und während der Backphase länger brauchen, um sich zu stabilisieren. Ein glutenfreies Brot mit einer Einwaage von 0,500 kg wird 40 – 45 Minuten gebacken, wohingegen ein Weizenbrot mit der gleichen Einwaage nur 30 Minuten Backzeit benötigt.
Bei glutenfreien Teigen mit hohen Teigausbeuten kann es bei einer zu heißen Anbackphase zu einer verstärkten Wasserdampfbildung und dadurch zu Hohlräumen in den Gebäcken kommen. In diesem Fall wird empfohlen, die Anbacktemperatur zu reduzieren und beim Backen in Umluftöfen eine kleinere Stufe der Luftumwälzung zu wählen.
Die längeren Backzeiten werden benötigt, um die Gebäckkruste so zu stabilisieren, dass die glutenfreien Gebäcke nach dem Ausbacken formstabil bleiben. Ein Ausbacken nur nach Kerntemperatur (z. B. 96 °C) ist nicht ausreichend.
Bei zu kurzen Backzeiten neigen besonders glutenfreie Kastenbrote zur Taillenbildung. Um ein Einfallen der Seitenflächen zu vermeiden, sollten die Brote nach dem Backen zügig entkapselt werden und beim Auskühlen nicht zu dicht aneinander stehen.
Die Vakuumkonditionierung eignet sich sehr gut, um glutenfreie Gebäcke nach dem Backen abzukühlen und zu stabilisieren. Wichtig ist dabei eine verkürzte Backzeit und das Einstellen eines für das Gebäck geeigneten Enddrucks. Abhängig vom Endgebäck haben sich Enddrücke von 100 – 200 mbar als sinnvoll erwiesen. Je nach Gebäck sollte die Backzeit um 25 – 35 % reduziert werden. Gleichzeitig muss die Temperatur in der mittleren Backphase erhöht werden, um trotz reduzierter Backzeit den gewünschten Bräunungsgrad zu erzielen. Weiterhin muss auch in der verkürzten Backzeit eine Kerntemperatur von mindestens 96 °C erzielt werden.
Durch die hohen Teigausbeuten besitzen glutenfreie Gebäcke, besonders Brote, eine saftige Krume und gute Frischhaltung. Glutenfreie Brote sind, ähnlich wie Brote mit einem hohen Roggenanteil, am Tag der Herstellung teilweise noch zu frisch zum Verzehren und sollten daher erst am Tag nach der Herstellung geschnitten und verzehrt werden.