Kleinste Mengen glutenhaltiger Lebensmittel reichen aus, um ein ursprünglich glutenfreies Produkt zu verunreinigen. Bei der Auswahl der Rohstoffe und beim Herstellungsprozess glutenfreier Gebäcke muss daher mit sehr großer Sorgfalt gearbeitet werden.
Im besten Fall steht eine Produktion zur Verfügung, in welcher ausschließlich glutenfreie Backwaren hergestellt werden. Ist dies nicht möglich, sollte eine zeitliche Trennung der Herstellung von glutenhaltigen und glutenfreien Backwaren eingehalten werden. Glutenhaltige und glutenfreie Rohstoffe sollten räumlich getrennt gelagert und entsprechend gekennzeichnet sein.
Vor der Herstellung von glutenfreien Backwaren ist eine gründliche Reinigung notwendig. Dann sollte erst die Produktion der glutenfreien Backwaren stattfinden und im Anschluss die Produktion der glutenhaltigen Backwaren mit anschließender Reinigung.
Ein separater Ofen für glutenfreie Backwaren ist in jedem Fall notwendig, da auch geringe Mehlrückstände eine wesentliche Menge Gluten enthalten können.
Auch nach der Herstellung der glutenfreien Gebäcke muss die Vermeidung einer Kontamination mit Gluten gewährleistet sein. Dies beinhaltet auch das Auskühlen, ggf. Schneiden, Verpacken, Lagern und den Verkauf.
Um die Reinheit der hergestellten Backwaren zu überprüfen, müssen regelmäßige Analysen durchgeführt werden. Weiterhin sollten alle Mitarbeiter hinsichtlich der Besonderheiten der Herstellung von glutenfreien Backwaren regelmäßig geschult werden.