Tunnelöfen kommen vorrangig in Großbäckereien zum Einsatz und sind in der Regel Teil einer kontinuierlich arbeitenden Produktionslinie, mit welcher nur wenige Gebäckarten in großen Stückzahlen hergestellt werden. Abhängig von der Ausführung können Tunnelöfen bis zu 60 m lang sein und bis 300 m2 Backfläche aufweisen.
Das Backgut wird dabei auf einem Transportband kontinuierlich durch den Ofen gefördert. Das Transportband kann als Drahtösenband, Scharnierplattenband oder Steinplattenband ausgelegt sein, abhängig davon, ob Produkte direkt auf den Steinplatten oder auf Blechen bzw. in Kastenverbänden gebacken werden sollen. Es existieren auch Ausführungen mit mehreren übereinanderliegenden Durchlaufbändern in separaten Etagen.
Tunnelöfen sind in der Regel in mehrere Zonen aufgeteilt, in denen unterschiedliche Temperaturen eingestellt werden können. Die einzelnen Zonen sind durch Vorhänge voneinander getrennt. Manche Tunnelöfen sind zusätzlich mit Gebläsen ausgerüstet, um eine Konvektion zu erzeugen. Die Beheizung kann mit Öl, Gas oder Elektrizität erfolgen. In Tunnelöfen werden unterschiedlichste Gebäckarten wie Brot, Brötchen, Kuchen, Pizza und Feinbackwaren gebacken.