Bereits unmittelbar nach dem Backvorgang beginnt mit dem Auskühlen die Alterung der Backwaren. Einigen Backwaren wird nach dem Abkühlen eine gewisse Reifezeit zugeschrieben (vgl. Klingler 1995). Ein frisch gebackenes, gerade ausgekühltes Roggenschrotbrot klebt noch etwas beim Kauen. Weizenbrot oder Weizenkleingebäck lässt sich dagegen unmittelbar nach dem Auskühlen verzehren. Weizenkleingebäck verliert bereits einige Stunden nach dem Backprozess an Rösche und die Kruste wird zäh. Es wird daher in der Regel wenige Stunden nach dem Backen verzehrt. Roggenbrot oder Roggenmischbrot behält jedoch auch mehrere Tage nach der Herstellung weitgehend seine Frischeeigenschaften. Mit steigendem Roggenanteil verbessern sich die Frischhalteeigenschaften.
Beim Auskühlen verliert die Backware an Wasser und es kommt zu einer Verlagerung des Wassers aus der wasserreichen Krume in die trockene wasserarme Kruste, welche das Wasser wiederum an die Umgebungsluft abgibt. Dabei verliert die Kruste der Backware an Rösche und mit zunehmender Lagerdauer verfestigt sich die Krume. Neben dem Wasserverlust kommt es auch zu einem Verlust von flüchtigen Aromastoffen, wodurch sich Aroma und Geschmack der Backware verändern. Weiterhin kommt es zu einem Volumenverlust der Backware.
Während der Teigbereitung wird das Wasser durch das Glutennetzwerk und die Pentosane gebunden. Ein Teil des Wassers lagert sich an der Oberfläche der Stärkekörner an. Beim Backprozess quellen die Stärkekörner, die Glutenproteine denaturieren und geben das gebundene Wasser frei, welches dann von der verkleisternden Stärke aufgenommen wird.
Während der Brotalterung kommt es zu einem Rekristallisationsprozess, welcher als Retrogradation bezeichnet wird. Die beiden Stärkebausteine Amylose und Amylopektin verhalten sich bei diesem Prozess unterschiedlich.
Die amorphe (ungeordnete) Amylose retrogradiert schon beim Auskühlen des Gebäckes und bestimmt die Krumenfestigkeit unmittelbar nach dem Auskühlen. Das Amylopektin geht während der Lagerzeit von einem gequollenen Zustand langsam wieder in einen kristallinen Zustand über. Während der Retrogradation bilden sich Helix-Strukturen aus und es kommt zur Ausbildung von Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den Stärkepolymeren. Diese Vorgänge gehen einher mit einem Wasseraustritt, welcher auch als Synärese bezeichnet wird. Dadurch verfestigt sich die Krume und trocknet aus.
Die Retrogradation von Amylose ist irreversibel, die von Amylopektin lässt sich durch „Aufbacken“ teilweise wieder rückgängig machen, wodurch bei den Backwaren für eine kurze Zeit wieder ein Frischeeindruck entsteht (vgl. Freund 2004; Klingler 1995).